Chimie avec Wolfram | Choses à essayer

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Modélisation et analyse moléculaires et chimiques. Pour les étudiants, les ingénieurs et les chercheurs. Visualisez, analysez et modélisez les structures moléculaires, les réactions chimiques et bien d’autres choses encore grâce à des fonctions spécialisées étroitement intégrées aux données intégrées ou accessibles au public.

Spécifiez les molécules

Spécifiez une molécule à l’aide de données référencées :
Exécuter
In[]:=
Molecule
caffeine
CHEMICAL

Spécifiez les molécules courantes en fonction de leur nom commun :
Exécuter
In[]:=
Molecule["caffeine"]
Spécifiez une molécule à l’aide des noms chimiques systématiques :
Exécuter
In[]:=
MoleculeName["caffeine"]​​Molecule["1,3,7-trimethylpurine-2,6-dione"]
Spécifiez une molécule à l’aide d’une chaîne SMILES :
Exécuter
In[]:=
caffeine
CHEMICAL
["SMILES"]​​Molecule["CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C"]
Importez des données moléculaires à partir des formats de fichiers standard :
Exécuter
In[]:=
Import["ExampleData/caffeine.xyz"]
Spécifiez une molécule à l’aide de listes d’atomes et de liaisons :
Exécuter
In[]:=
Molecule[{"H","O","H"},{Bond[{1,2},"Single"],Bond[{2,3},"Single"]}]

Trouvez les propriétés des molécules

Utilisez
MoleculeValue
pour obtenir les propriétés de molécules spécifiques :
Exécuter
In[]:=
MoleculeValue[Molecule["caffeine"],"ElementMassFraction"]
Vous pouvez également extraire directement les propriétés des molécules :
Exécuter
In[]:=
Molecule["caffeine"]["MolarMass"]
Obtenez des propriétés qui dépendent d’atomes ou de liaisons spécifiques dans une molécule :
Exécuter
In[]:=
Molecule["water"][{"BondLength",{2,1}}]​​Molecule["water"][{"BondAngle",{2,1,3}}]
Obtenez une liste d’isomères sous une forme spécifiée :
Exécuter
In[]:=
FindIsomers
C
8
H
10
N
4
O
2
,"Entity"

Visualisez les molécules

Créez une représentation 2D d’une molécule :
Exécuter
In[]:=
MoleculePlot[Molecule["caffeine"]]
Mettez en évidence et étiquetez les motifs moléculaires spécifiés :
Exécuter
In[]:=
MoleculePlot[​​Molecule["caffeine"],​​<|​​"aromatic bonds"->Bond[_,"Aromatic"],​​"double bonds"->Bond[_,"Double"],​​"carbon atoms"->Atom["C"]​​|>​​]
Créez une représentation 3D rotative d’une molécule :
Exécuter
In[]:=
MoleculePlot3D[Molecule["caffeine"],PlotLegends->Automatic]

Équilibrez une réaction chimique

Équilibrez une réaction chimique déséquilibrée :
Exécuter
In[]:=
ReactionBalanceChemicalReaction
H
2
+
O
2
⟶
H
2
O

Interprétez une chaîne de caractères en tant que formule chimique :
Exécuter
In[]:=
ReactionBalance["H2 + O2 -> H2O"]
Interprétez les noms communs des composés pour générer une réaction équilibrée :
Exécuter
In[]:=
ReactionBalance["Hydrogen + Oxygen -> Water"]

Spécifiez un motif pour une réaction

On utilise
PatternReaction
pour appliquer des réactions chimiques à un ensemble de réactifs. Spécifiez un motif de molécule de la même manière que vous spécifieriez une molécule :
Exécuter
In[]:=
reactantpatterns={​​MoleculePattern[{"H","H"},{Bond[{1,2},"Single"]}],MoleculePattern[{"H","H"},{Bond[{1,2},"Single"]}],MoleculePattern[{"O","O"},{Bond[{1,2},"Double"]}]​​};​​productpatterns={​​MoleculePattern[{"H","O","H"},{Bond[{1,2},"Single"],Bond[{2,3},"Single"]}],MoleculePattern[{"H","O","H"},{Bond[{1,2},"Single"],Bond[{2,3},"Single"]}]​​};
Représentez une réaction chimique à l’aide d’une règle pour les listes de motifs :
Exécuter
In[]:=
PatternReaction[reactantpatterns->productpatterns]
Vous pouvez également spécifier une réaction chimique à l’aide d’une chaîne SMARTS :
Exécuter
In[]:=
PatternReaction["[H][H].[H][H].[O]=[O]>>[H][O][H].[H][O][H]"]

Appliquez une réaction

Spécifiez une réaction en fonction d’un motif avec
PatternReaction
 :
Exécuter
In[]:=
reaction=PatternReaction["[H][H].[H][H].[O]=[O]>>[H][O][H].[H][O][H]"]
Créez une liste de molécules qui constitueront les réactifs (chaque molécule doit être explicitement présente dans la liste) :
Exécuter
In[]:=
reactants=Molecule
Formula:
H
2
Atoms: 2 Bonds: 1
,Molecule
Formula:
H
2
Atoms: 2 Bonds: 1
,Molecule
Formula:
O
2
Atoms: 2 Bonds: 1
;
Trouvez les molécules produites en appliquant une réaction à une liste de réactifs :
Exécuter
In[]:=
products=ApplyReaction[reaction,reactants]
Visualisez rapidement les produits et les réactifs en 3D :
Exécuter
In[]:=
GraphicsColumn[MoleculePlot3D/@reactants]->GraphicsColumn[MoleculePlot3D/@products]